Une maladie grave ou chronique peut imposer un arrêt de travail de plusieurs mois, voire plusieurs années. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale compensent partiellement la perte de revenus, et le statut d'Affection de Longue Durée (ALD) ouvre des droits spécifiques de prise en charge médicale à 100 %. Voici les règles à connaître avant d'en avoir besoin.
Arrêt maladie ordinaire vs. arrêt longue durée : la différence
Un arrêt maladie ordinaire est en principe indemnisé dans la limite de 360 jours d'IJ sur une période de 3 ans. Pour une affection de longue durée reconnue, l'indemnisation peut aller jusqu'à 3 ans pour une même affection. Au-delà, si le salarié ne peut reprendre le travail, la question de l'invalidité ou de la reconnaissance d'inaptitude se pose. Pour les arrêts courts (grippe, fracture, opération), les règles de calcul des indemnités journalières, le délai de carence de 3 jours et les démarches AMELI sont détaillés dans notre guide de l'arrêt maladie court 2026.
L'ALD (Affection de Longue Durée) n'est pas un type d'arrêt de travail — c'est une reconnaissance médicale permettant une prise en charge à 100 % des soins liés à la pathologie. Un patient en ALD peut travailler normalement ou être en arrêt : les deux situations sont indépendantes.
L'ALD : ce que c'est et ce que ça change
L'ALD est accordée par le médecin conseil de l'Assurance maladie, sur proposition du médecin traitant, lorsque la maladie remplit les critères définis.
Les trois catégories d'ALD
ALD 30 (liste officielle) : 30 pathologies nécessitant un traitement prolongé et coûteux : diabète de type 1 et 2, cancer, insuffisance cardiaque grave, maladie de Parkinson, sclérose en plaques, HIV, polyarthrite rhumatoïde, insuffisance rénale chronique, maladie d'Alzheimer, etc.
ALD hors liste (anciennement ALD 31) : maladies graves et invalidantes ne figurant pas sur la liste des 30, mais nécessitant un traitement prolongé (durée prévisible supérieure à 6 mois) et coûteux.
Polypathologie (anciennement ALD 32) : cumul d'affections, chacune insuffisante seule pour justifier l'ALD, mais dont l'ensemble nécessite un traitement lourd et prolongé.
Ce que l'ALD ouvre concrètement
- Prise en charge à 100 % des soins liés à l'ALD (consultations, médicaments, examens, hospitalisations).
- Pas de dépassement d'honoraires remboursé à 100 % — seulement dans le cadre des médecins signataires du secteur 1 ou des médecins en OPTAM/OPTAM-CO.
- L'ALD n'exonère pas du ticket modérateur pour les soins sans rapport avec la pathologie reconnue.
Comment obtenir le statut ALD
- Votre médecin traitant rédige une demande de mise en ALD (protocole de soins).
- Le médecin conseil de la CPAM (Caisse Primaire d'Assurance Maladie) valide ou refuse la demande dans un délai de 15 jours.
- En cas d'accord, vous recevez une attestation ALD et votre carte Vitale est mise à jour.
- La durée initiale est de 3 à 5 ans, renouvelable — ou indéfinie pour les maladies chroniques sans perspective de guérison.
Les indemnités journalières (IJ) pendant l'arrêt maladie
Montant des indemnités
En 2026, les IJ sont calculées sur la base du salaire journalier de référence (SJR), lui-même calculé sur les 3 derniers mois de salaire brut avant l'arrêt (ou 12 mois pour les revenus irréguliers).
Taux standard : 50 % du SJR.
Plafond journalier en 2026 : le salaire mensuel retenu par l'Assurance maladie est plafonné à 1,4 Smic mensuel, soit 2 613,82 € brut par mois en 2026. L'IJ maximale est donc de 42,97 €/jour brut.
Attention : ce montant correspond au brut de l'IJ. Les IJ sont soumises à la CSG/CRDS (6,7 %) et le cas échéant à l'impôt sur le revenu. Le net perçu est inférieur.
Le délai de carence : les 3 premiers jours
Les 3 premiers jours de chaque arrêt maladie ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale (délai de carence). En pratique, beaucoup de conventions collectives prévoient la subrogation : l'employeur maintient le salaire dès le 1er jour et se fait rembourser par la CPAM.
Vérifiez votre convention collective : certaines (cadres, fonctionnaires, professions de santé) prévoient un maintien du salaire à 100 % pendant 1 à 3 mois. D'autres ne prévoient rien au-delà des obligations légales.
Source officielle : Service-Public.fr, arrêt maladie et indemnités journalières, fiche vérifiée le 1er juin 2026.
Durée maximale d'indemnisation
| Situation | Durée maximale |
|---|---|
| Maladie ordinaire | 360 jours sur une période de 3 ans |
| ALD ou affection nécessitant un arrêt prolongé | Jusqu'à 3 ans pour une même affection si conditions remplies |
| Après 3 ans d'IJ | Étude d'une reprise, d'une invalidité ou d'une autre solution selon l'état médical |
Au-delà de 3 ans ou si le médecin conseil considère que l'état est stabilisé, l'Assurance maladie peut mettre fin aux IJ et basculer vers une procédure d'invalidité.
La pension d'invalidité : le relais après l'arrêt
Quand l'état de santé ne permet pas de reprendre le travail et que la capacité de gain est réduite d'au moins 2/3, l'Assurance maladie peut accorder une pension d'invalidité.
Trois catégories :
- Catégorie 1 : incapacité de travail à mi-temps, mais peut exercer une activité partielle. Pension = 30 % du salaire de référence.
- Catégorie 2 : incapable d'exercer une activité professionnelle. Pension = 50 % du salaire de référence.
- Catégorie 3 : catégorie 2 + nécessite l'aide d'une tierce personne. Pension = 50 % + majoration pour tierce personne (~1 200 €/mois en 2026).
La pension d'invalidité cesse à la liquidation de la retraite — elle est alors remplacée par la pension de retraite pour inaptitude si les conditions sont réunies. Notre guide complet sur la pension d'invalidité détaille les montants 2026, les démarches auprès de la CPAM et les règles de cumul avec un emploi.
Impact sur votre retraite
Les trimestres cotisés pendant un arrêt maladie indemnisé comptent dans votre durée d'assurance. Pour chaque période de 60 jours d'IJ, un trimestre est validé (dans la limite de 4 trimestres par an).
Important : les IJ ne génèrent pas de cotisations au titre du salaire de référence (SAM). Elles n'alimentent donc pas le salaire de référence des 25 meilleures années — seulement les trimestres. Une longue période d'IJ peut donc réduire votre SAM si elle tombe dans vos 25 meilleures années potentielles.
Ce que vous devez faire dès le début d'un arrêt long
- Informer votre employeur dans les 48 heures et lui faire parvenir volet 3 de l'avis d'arrêt.
- Transmettre volets 1 et 2 à votre CPAM dans les 48 heures.
- Demander le protocole ALD à votre médecin traitant si la pathologie est éligible — ne pas attendre que la situation se stabilise.
- Vérifier votre convention collective pour connaître la durée du maintien de salaire par l'employeur.
- Interroger votre prévoyance d'entreprise ou individuelle : de nombreux contrats de prévoyance complémentaire versent des indemnités complémentaires dès le 4e jour ou le 90e jour, au-delà des IJ de base.
- Anticiper la visite médicale de reprise : obligatoire après un arrêt de plus de 30 jours.
Les droits à ne pas oublier
- Congé maladie ordinaire : votre contrat de travail est suspendu, pas rompu. Vous ne pouvez pas être licencié pour cause de maladie (sauf inaptitude médicale prononcée par le médecin du travail).
- Protection du contrat pendant l'arrêt : votre contrat est suspendu, mais une rupture peut devenir possible dans certains cas encadrés (désorganisation de l'entreprise, inaptitude constatée par le médecin du travail, faute distincte de la maladie). Prenez conseil avant toute contestation.
- Complémentaire santé solidaire (C2S) : si vos revenus baissent fortement pendant l'arrêt, vous pouvez devenir éligible à la C2S gratuite ou à faible participation.
- Prime d'activité : en arrêt maladie, les IJ sont assimilées à des revenus d'activité pour le calcul de la prime d'activité pendant les 3 premiers mois. Au-delà, elles ne sont plus prises en compte — votre prime peut diminuer ou s'arrêter.
